Sinopse: O sargento Sousuke Sagara retorna à Jindai High School para proteger o precioso bem de guerra, Kaname Chidori, de qualquer ameaça. No entanto, sua falta de habilidades sociais e experiência na vida real resultam em situações cômicas, mas perigosas, colocando em risco a pacífica vida escolar que Kaname deseja. Enquanto Sousuke continua trazendo uma ampla gama de armas para a escola como um meio de resolver ameaças - reais ou falsas - Kaname se esforça para cumprir seu dever como vice-presidente do conselho estudantil enquanto o mantém sob controle. Para garantir o sucesso da missão, Sousuke é ocasionalmente forçado a usar o traje de um famoso mascote de um parque de diversões chamado Bonta-kun. Com sua experiência técnica, ele acaba transformando o uniforme exuberante em um exoesqueleto de última geração que tem apenas uma disfunção: o tradutor de voz só pode produzir o som "mofu". Full Metal Panic? Fumoffu descreve as aventuras de Kaname e Sousuke enquanto eles tentam viver suas vidas escolares normais, apesar do caos que eles causam inadvertidamente.